สำนักงานบริหารหนี้สาธารณะ (สบน.) จัดตั้งขึ้นตามมติของคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2542 โดยในระยะแรกมีสถานะเป็นหน่วยงานในสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงการคลัง ก่อนจะได้รับการยก ระดับเป็นส่วนราชการในระดับกรม สังกัดกระทรวงการคลัง โดยสมบูรณ์ตามพระราชบัญญัติปรับปรุง กระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 เมื่อวันที่ 9 ตุลาคม 2545 โดยได้รวมงานของ 2 หน่วยงานเข้าด้วย กัน ได้แก่ สำนักงานเศรษฐกิจการคลัง ในส่วนของกองนโยบายเงินกู้ กองนโยบายเงินกู้ตลาดทุน กองโครงการลงทุนเพื่อสังคม และศูนย์ข้อมูลที่ปรึกษา และกรมบัญชีกลาง ในส่วนงานหนี้สาธารณะ และเงินคงคลัง และกลุ่มวิเคราะห์หนี้สาธารณะและเงินคงคลัง